Die genomische Zuchtwertschätzung im Two-Step-Verfahren führte zu einer abnehmenden Qualität der Zuchtwerte. Das liegt zum einen daran, dass die zu genotypisierten männlichen Kandidaten schon sehr stark vorselektiert sind. Zum anderen „entfernen“ sich die Kandidaten immer weiter von der Lernstichprobe. Oft sind deren Väter und manchmal auch Großväter selber noch genomische Jungvererber. Außerdem konnten beim Two-Step-Verfahren die genotypisierten Kühe mit Phänotypen nicht in der Lernstichprobe berücksichtigt werden. 

Im Single-Step-Verfahren erhalten alle Tiere der Population einen genomischen Zuchtwert, in den alle vorhandenen Informationen eingehen. Neben den nachkommengeprüften Bullen eichen nun alle genotypisierten Tiere mit eigenem Phänotyp das System. Hierdurch steigt die Bedeutung der Kuhlernstichproben bzw. der Herdentypisierungen. Die Verwandtschaft wird nun gleichzeitig über das Pedigree und über die Genotypisierungen abgebildet. Dadurch kann die tatsächliche Verwandtschaft oder Ähnlichkeit von Tieren viel besser abgebildet werden als bisher. 

Weiterhin ist es für viele Merkmale mit dem Single-Step-Verfahren erstmalig möglich, genomische und damit sichere Zuchtwerte zu schätzen, z.B. für einige der direkten Gesundheitsmerkmale.

Genotypisierte Bullen mit Nachkommeninformationen bilden die Lernstichprobe für das Two-Step-Verfahren und sind auch eine wichtige Informationsquelle im Single-Step-Verfahren. Beim neuen Verfahren tragen genotypsierte Tiere mit Eigenleistung einen wichtigen Informationsteil bei. Ganz grob kann gesagt werden, dass 10 genotypisierte Tiere mit Eigenleistung so viel Information beisteuern wie ein nachkommengeprüfter Bulle. Zudem steuern im Single-Step-Verfahren durch die bessere Abbildung der Verwandtschaft auch nicht-genotypisierte Tiere mit Eigenleistungsinformation direkt Informationen bei.

Mit einer Kuhbasis kann eine deutlich größere Anzahl von Tieren zurückgegriffen werden als bei einer Bullenbasis. Damit entspricht der genetische Trend auch deutlicher als bisher den in den Praxisbetrieben lebenden Kühen und spiegelt nicht mehr so stark die Situation in den genomisch sehr stark vorselektierten Bullenjahrgängen wider. Durch die Abschreibung, die in ihrer Höhe dem Zuchtfortschritt entsprechen sollte, wird gewährleistet, dass die aktuell lebende Population immer ein Niveau von 100 Zuchtwertpunkten hat. Durch die Kuhbasis verringert sich auch die Abschreibung der Zuchtwerte, da der Zuchtfortschritt in der Kuhpopulation etwas niedriger ist als bei den Bullen. Da die Basis von den Bullen auf die Kühe angepasst werden muss, ergibt sich eine einmalige Änderung in den Zuchtwerten. Diese hat aber keinen Einfluss auf die Rangierung der Tiere, sondern für jedes Tier wird die gleiche Zahl addiert oder subtrahiert.

Dies geht auf den Wunsch der Brown-Swiss-Zuchtverbände in Deutschland und Österreich zurück. Bisher wird die (wahre) Streuung aller Relativzuchtwerte auf 12 Punkte eingestellt. Ab dem Zuchtwertschätztermin April 2021 wird die Streuung des GZW bei Braunvieh auf 15 Punkte erhöht. Bei allen anderen Relativzuchtwerten bleibt zunächst die gewohnte Streuung erhalten. Durch eine Erhöhung der Streuung erscheinen bisher hohe Relativzuchtwerte jetzt noch höher (und bisher sehr niedrige Zuchtwerte noch niedriger). Letztlich bedeutet es, dass bisher ein Tier mit einem GZW von 124 zu den ca. 2,5% Besten der Zuchtpopulation gehörte. Nun gehört es mit einem GZW von 130 immer noch zu den 2,5% der besten Tiere.