Zuchtziele sind der Ausgangspunkt eines Zuchtprogramms. Sie sind für jede Population einmalig. Zuchtziele müssen regelmäßig überprüft werden, in wie weit einzelne Ziele erreicht wurden oder es unerwartete Effekte gibt. Je nach Ergebnis der Überprüfung müssen die Zuchtziele überarbeitet werden. Verantwortlich für die Formulierung der Zuchtziele sind die Organisationen, die das jeweilige Zuchtprogramm durchführen. Es gibt viele Faktoren, die auf die Formulierung von Zuchtzielen einwirken.
Zuchtziele sind abhängig von den wirtschaftlichen Rahmenbedingungen des Zuchtprogramms. Sie richten sich zunächst nach den Produkten, die produziert werden sollen. Das sind z.B. Milch, Fleisch, Eier, Wolle oder Fasern. Wichtig ist auch die Frage, ob nur ein Produkt produziert wird oder mehrere (Doppelnutzung). Um das Wohlergehen der Tiere sicherzustellen sind Merkmale der Fitness und Gesundheit, wie z.B. Nutzungsdauer, Eutergesundheit oder Endoparasitenresistenz, von großer Bedeutung. Weitere, sogenannte neue Merkmale sind z.B. solche der Effizienz, der Resilienz und Robustheit sowie ein reduzierter Ausstoß von klimarelevanten Gasen.
Der Verbund der gemeinsamen Zuchtwertschätzung von Bayern – Baden-Württemberg – Österreich (DEA) für die Rassen Fleckvieh und Brown Swiss wurde Anfang der 2000er Jahre eingeführt. Bei Fleckvieh ist inzwischen auch Tschechien ein Teil des Zuchtwertschätzverbunds. Ungefähr alle 10 Jahre, erstmals gemeinsam 2006, findet eine Überarbeitung der Zuchtziele und des Gesamtzuchtwerts (GZW) statt. Bei der Überarbeitung der Zuchtziele und des GZW in 2014, ging die Gemeinschaft erstmals neue Wege. Die Zuchtziele wurden von den Züchterinnen und Züchtern in den verschiedenen Regionen mitbestimmt. In 2016 wurden die Zuchtziele dann bei zentralen Abschlussveranstaltungen endgültig verabschiedet. Die nächste Runde der Zuchtzielüberarbeitung startet voraussichtlich im Jahr 2025.