Um eine genomische Zuchtwertschätzung durchzuführen, benötigt man eine sogenannte Lernstichprobe. Die Lernstichprobe dient der Kalibrierung der Formel zum schätzen der Parameter. Sie besteht aus den nachkommengeprüften Bullen der Zuchtunternehmen, welche sowohl genotypisiert, als auch Phänotypen aus der Leistungsprüfung besitzen. So kann dann aus den Genotypinformationen der Altbullen ein Zuchtwert für junge Tiere berechnet werden, welche noch keine Ergebnisse aus der Leistungsprüfung haben. Um so vorgehen zu können, muss das Merkmal jedoch schon lange in der Leistungsprüfung etabliert sein. Neue Merkmale, wie z.B. die Effizienz oder Lebendgewichte, welche nun in KlimaFit und auch schon bei FLECKfficient erfasst werden, sind bei Altbullen nicht phänotypisch dokumentiert.
Um dieses Problem zu lösen, werden n un auch bei den weiblichen Tieren die Phänotypen erfasst. Es entsteht eine weibliche Lernstichprobe. In Kombination mit den genotypisierten und nachkommensgeprüften Bullen und den genotypisierten weiblichen Tieren und ihrer Eigenleistung fließen alle Daten in die Lernstichprobe ein. Die Asuweitung der Lernstichprobe bietet folgende Vorteile:
Je mehr Tiere in die Probe eingehen, desto größer ist folglich auch die Datenmenge. Im allgemeinen gilt, dass eine größere Datenmenge ein sicheres Ergebnis ergibt. Denn die Ausreißer einer Population haben kein en so starken Einfluss mehr aus das Gesamtergebnis. Dies kann man in der graphischen Darstellung von Goddard und Hayes sehen. Wenn die Heritabiltät eines Merkmals bei 10 % liegt und die Lernstichprobe 2.000 Tier umfasst, hat die Probe eine Sicherheit von 0,22. Wenn man nun eine Lernstichprobe mit 10.000 Tieren nimmt, steigt die Sicherheit auf 0,46 an.
Abb.: M. E. Goddard und B. J. Hayes (2009): Mapping genes for complex traits in domestic animals and their use in breeding programmes, Nature Reviews Genetics volume 10, Seiten 381–391.
Die schneller Etablierung kommt durch das Verfahren, welches für die Zuchtwertschätzung verwendet wird. So muss für ein Merkmal zunächst eine Lernstichprobe erstellt werden, die eine möglichst hohe Genauigkeit von unverwandten Tieren beinhaltet. Da die Anzahl an Bullen aber nur durch die Zuchtunternehmen gestellt werden kann, dauert es bis genügend unverwandte Tiere zusammenkommen. Da die Anzahl an weiblichen Tier wesentlich höher ist, kommen so schneller genügend unverwandte Tiere in einem kürzeren Zeitraum zusammen.